Роман рассказывает о юношестве герцога Лето Атрейдеса, о его первых сражениях с Харконненами, о его знакомстве с принцем Ромбуром Верниусом, наследником Икса, который вынужден был бежать из-за захвата Икса тлейлаксианцами. Дом Харконнен планирует ввести Лето в конфликт с Тлейлаксом, а Бене Гессерит манипулирует бароном Харконненом как частью своего плана, растянутого на много поколений. Шаддам Коррино начинает плести свой заговор, жертвой которого должен стать Икс и его правящая династия. А на Дюне планетолог Пардот Кинес начинает секретный проект по трансформации пустынного мира в зелёный рай.
В этом окончании трилогии «Прелюдия к Дюне» император Шаддам Коррино пытается заполучить большую власть, чем имели его предшественики и управлять Миллионом Миров исключительно в соответствии со своими прихотями. На захваченной планете Икс идёт разработка синтетической пряности, амаля, которая может привести всю цивилизацию к большому риску. Тем временем поработители Икса должны бороться с угрозами от изгнанного принца Ромбура Верниуса, который хочет вернуть себе контроль над планетой.Боясь потерять свой трон Золотого Льва, Шаддам IV, Император Миллиона Миров придумал радикальный план по созданию альтернативы меланжи, пряности, которая связывает Империю воедино и которая найдена только на пустынной планете Дюна.В подземных лабораториях планеты машин Икс жестокие Тлейлаксу используют рабов в создании синтетической формы меланжи амаля. Если амаль сможет заменить пряность с Дюны, Шаддам получит то, что он желал — абсолютную власть. Но герцог Лето Атрейдес, убитый горем из-за трагической гибели его сына Виктора и желающий восстановить честь и престиж своего Дома, имеет свои собственные планы насчет Икса.Он освободит иксианцев от их завоевателей и восстановит своего друга Принца Ромбура Верниуса в его правах правителя Икса. Это очень рискованное предприятие для Дома Атрейдесов, у которого ограниченные военные ресурсы и много жестоких врагов, включая злого Барона Харконнена.Тем временем леди Джессика, подчиняясь приказам глав Общины Сестер Бене Гессерит, зачала ребёнка от герцога Лето, который по планам Общины Сестре должен стать предпоследним шагом в создании могущественного существа. Но Община Сестер пока не знает, что ребёнок, которого ждет Джессика не девочка, которую они ожидают, а мальчик.Поступок Джессики это знак любви — ее желание дать герцогу Лето наследника Дома Атрейдес, но когда это раскроется, могут погибнуть оба — мать и ребенок.Как и Бене Гессерит, Шаддам Коррино также имеет планы на будущее. Ослепленный жаждой власти, Император задумывает заговор против Дюны, единственного натурального источника настоящей пряности. Если ему повезёт, результат может стать катастрофическим, чего даже он не подозревает: конец космических путешествий, Империи и самой цивилизации.
Наконец Шаддам сидит на троне Золотого Льва, его ненадежная позиция как правителя Известной Вселенной зависит от того, будет ли у него сын-наследник. Но его лидерству также угрожает амбициозный Барон Владимир Харконнен, чья жажда власти приводит его к заговору против одной из самых мощных сил в Империи, надеясь поднять свой собственный жестокий Дом до беспрецедентных высот власти. Его главные цели: Дом Атрейдес и загадочная Община Сестёр Бене Гессерит. Община Сестёр не подозревают об этой угрозе, так как они готовятся к кульминации своей работы по созданию суперсущества, Квисац Хадераха.Мир машин Икс стал жертвой заговора, и теперь там хозяйничают коварные тлейлаксы. Но правящий Дом Икса еще не знает, что за этим заговором стоит император Шаддам IV, возжелавший получить безпрецедентную власть. Для достижения этой цели он задумал создать искусственную пряность, которая является важным веществом во вселенной и которую до сих пор можно было добыть лишь на пустынной планете Дюна. Коварные тлейлаксы пытаются создать для императора искусственную пряность в подземных лабораториях Икса. Но маленькие силы отступников начинают сражаться, пытаясь вернуть Иксу свободу. Появляются новые герои: молодой Лиет Кинес на Дюне, хитрый и терпеливый К’тер на Иксе и несдающийся Гурни Халлек на Гьеди Прайм, желающий отомстить Харконненам.Для Лето Атрейдеса наступил момент, когда надо выбрать между любовью и честью, дружбой и долгом, безопасностью и судьбой. У Лето уже есть наследник Дома Атрейдес, Виктор, и он примет любые действия, необходимые, чтобы спасти своего сына. Тем не менее, для Дома Атрейдес есть только один выбор — бороться или быть разгромленным.Проект Шаддама IV по созданию искусственной пряности вот вот должен завершиться. Когда у императора будет в руках искусственная пряность, он готов будет пожертвовать даже Дюной, а это может привести к неминуемой катастрофе. Тем временем Барон Владимир Харконнен страдает из-за болезни, которой его тайно заразили. Даже чрезмерно дорогой доктор Сук, Веллингтон Юйэ, не может вылечить Барона. Дункан Айдахо тренируется с элитными мастерами меча Гиназа, а леди Марго Фенринг, жена имперского смотрителя на Арракисе, вступает в тайный контакт со священниками Фрименов.